Компания «Гидроавтоматика» была создана в 2012 году объединенными усилиями «ВНИИР ГидроЭлектроАвтоматика» и группы компаний «СМС-Автоматизация». Предпосылками для создания явился большой опыт «ВНИИР ГидроЭлектроАвтоматика» в области управления проектами в гидроэнергетике и многолетний опыт группы «СМС» в области автоматизации энергетических объектов, а также опыт успешного сотрудничества при выполнении совместных проектов в течение нескольких лет.